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突发奇想#xff0c;想批量下载Alphafold网站的蛋白pdb文件#xff0c;后续再做个分子对接用。又不想手动下载#xff0c;来求助CSDN和GPT。
二、CSDN白嫖基础代码
CSDN大神多#xff0c;这不#xff0c;找到一个#xff1a;Alphafold批量下载蛋白的pdb文…一、写在前面
突发奇想想批量下载Alphafold网站的蛋白pdb文件后续再做个分子对接用。又不想手动下载来求助CSDN和GPT。
二、CSDN白嫖基础代码
CSDN大神多这不找到一个Alphafold批量下载蛋白的pdb文件_pdb文件下载-CSDN博客
不过使用的是谷歌浏览器我自己用的是Edge浏览器因此需要魔改。
三、GPT魔改代码
话不多说直接上步骤。
1安装Selenium包
selenium是自动化测试工具可以理解为Python使用它来操作网页。
安装代码
pip install selenium
或者
conda install selenium
2安装Selenium驱动
Selenium需要一个驱动程序来与所选的浏览器交互不同浏览器驱动不同。
我的是Edge浏览器下载地址
Microsoft Edge WebDriver - Microsoft Edge Developer
当然是有版本区别的因此先看看我们的版本号 下载相应版本的驱动 解压但是要记住放的路劲地址比如我的是O:/msedgedriver.exe。 3GPT魔改后的代码
咒语要点主要是告诉GPT我们使用的是Edge浏览器、驱动放置的地点等经过几轮Debug代码如下
import os
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.by import By
from selenium.webdriver.edge.service import Service
from selenium.webdriver import EdgeOptions
from selenium.webdriver.support.ui import WebDriverWait
from selenium.webdriver.support import expected_conditions as EC
import time# Constants
EDGE_DRIVER_PATH rO:/msedgedriver.exe
WORK_PATH rO:/
PROTEIN_FILE test1.txt
XPATH_DOWNLOAD_LINK //*[id\main-content-area\]/app-entry/div[1]/div/app-summary-text/div/div[1]/div[2]/a[1]
PAGE_LOAD_TIMEOUT 2500
EXPLICIT_WAIT_TIMEOUT 30 # 设置显式等待的超时时间# Edge Options
edge_options EdgeOptions()
# edge_options.add_argument(--headless)
edge_options.add_argument(--disable-gpu)
service Service(executable_pathEDGE_DRIVER_PATH)# Change working directory
os.chdir(WORK_PATH)# Read proteins from file
with open(PROTEIN_FILE, r) as f:proteins [line.strip() for line in f.readlines()]failed_downloads []# Initialize browser instance
with webdriver.Edge(serviceservice, optionsedge_options) as driver:driver.set_page_load_timeout(PAGE_LOAD_TIMEOUT)wait WebDriverWait(driver, EXPLICIT_WAIT_TIMEOUT)for protein_id in proteins:print(f{protein_id} is downloading!)driver.get(fhttps://alphafold.ebi.ac.uk/entry/{protein_id})try:download_link wait.until(EC.element_to_be_clickable((By.XPATH, XPATH_DOWNLOAD_LINK)))download_link.click()time.sleep(4) # Wait for the file to downloadprint(f{protein_id} succeed!)except Exception as e:print(f{protein_id} download failed!)failed_downloads.append(protein_id)# Write failed downloads to file
with open(failed.txt, w) as df:
df.write(\n.join(failed_downloads))
4运行
首先把需要下载的蛋白的Uniport的ID整理到一个txt文件蛋白后面不要有空格一个蛋白一行我的保存路劲为O:/。 准备就绪运行代码 批量下载Alphafold的蛋白pdb文件 可以看到自动打开网页点击下载简单粗暴有内涵~
