建立网站原则,建设项目环境影响登记表备案系统网站,凡科送审平台学生不能登录,建设部标准定额网站你会用到的网站#xff1a;写在前面#xff1a;之前mac不小心升级了一下java#xff0c;然后igv就不能用了#xff0c;要写教程必须降级java首先#xff0c;看官方说明#xff0c;需要安装Java -8#xff0c;9以上版本不支持。我的mac不知道什么时候更新到了java 10写在前面之前mac不小心升级了一下java然后igv就不能用了要写教程必须降级java首先看官方说明需要安装Java -89以上版本不支持。我的mac不知道什么时候更新到了java 10按说可以向下兼容但是事与愿违igv不能正常使用了。需要降级Javamac用户可以直接参考windows可以试下直接下载安装IGV先删除原来的javaterminal打开终端复制粘贴一下三条命令sudo rm -fr /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.pluginsudo rm -fr /Library/PreferencesPanes/JavaControlPanel.prefPanesudo rm -fr ~/Library/Application\ Support/Java⚠️不要通过/usr/bin 删除 Java 工具来卸载 Java。此目录是系统软件的一部分下次对操作系统执行更新时Apple 会重置所有更改。finder中进入 /Library/Java/JavaVirtualMachines然后删除之前的jdk.版本号【Windows用户下载解压后点击igv.bat文件即可启动如果启动失败用记事本打开并编辑igv.bat文件在文件的最后新起一行输入pause保存后再尝试打开就可以在Windows下的命令行界面(cmd命令提示符)看到错误信息再根据信息提示去解决问题不过一般问题不大】IGV安装正文开始好啦问题解决啦开始正式IGV介绍什么是IGV它是一款本地的探索基因组数据的可视化浏览器有多个系统版本支持多种不同类型的输入格式包括芯片测序、二代测序、基因组注释文件等。推荐使用BAM与SAM格式主要格式见下表数据来源文件格式序列比对SAM/BAM显示覆盖率TDF拷贝数SNP、CN基因表达GCT、RES基因注释GFF3/GTF、BED突变数据MUT追踪参考基因组覆盖度、测序深度(UCSC)WIG、BW一睹IGV每次打开会自动加载hg19.fa文件也就是人类基因组一会进入主界面主界面自己构建基因组信息这里我会举一个昆虫中一种——棉铃虫这个基因组是17年2月更新在NCBI伤的属于小众物种IGV并没有收录。正好拿来练手当然如果你研究的领域也有基因组被测出来也可以试一试【注意在提交基因组文件到IGV之前要先构建索引】这些工作都可以在本地进行只需要打开你本地的git_bash或者putty/xshell或者terminal解压缩基因组文件》下载samtools(推荐用conda管理)构建索引samtools faidx genome.fastaIGV中 输入fasta文件路径》提供注释文件(可以是组装基因组预测的基因注释文件也可以是拼接转录组用的gtf文件)〉其他选项可以忽略》点击OK推弹出一个框让你输入存储路径自定义基因组查看注释文件这里以人类基因组注释文件为例下载gtf到电脑下载完不要急着导入需要先构建索引导入注释文件然后会生成gff3.idx或者gtf.idx文件说明构建了索引接着导入File - Load from file选择sorted的注释文件查找基因查看bam文件我这里准备的bam文件大小是2.8G是由人类转录组测序数据得到的准备的参考基因组是hg19注释文件是gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3bam文件在导入前要先使用samtools进行sort和indexsamtools sort test.bam test.sortsamtools index test.sort.bam,生成一个后缀为“.fai”的文件它根据文件名自动和.bam关联 另外这两个文件要在一个文件夹下最后将bam导入IGV中载入bam后默认会出现两个track(翻译的话可以理解为不同的轨道显示不同的信息)Coverage track和Alignment track。载入bam后另外基因组信息也可以有collapsed、expanded、squished三种展示形式基因组信息查看Coverage track它的意思是显示比对文件的覆盖率和测序深度。横坐标是基因组上的位置纵坐标是该位置的测序深度。【鼠标放在每一个位点都会显示一个小方框其中的的内容就是显示总共有多少reads在这个位置每个碱基各是什么】点右上角放大reads可视化窗口后track会以灰色的条形图来显示每个位点的测序深度。如果某一个核苷酸与参考序列相比有超过20%的reads是不同的条形图会显示不同的颜色Coverage track显示特定位点变异关于上图中的右键菜单解释如下功能含义Rename Track更改track名Change Track Color更改背景色比如把Coverage Track灰色变紫色Change Track Height改变每一个track的高度Change Font Size改变IGV最左侧字体大小Set Data Range覆盖深度的范围设置Log scale用对数尺度作图AutoScale是否自动缩放比较多个基因比较多个基因这里看到有许多颜色,这些颜色是根据定义不同比对类型而不同不同比对类型颜色也不同查找结构变异灰色与参看基因组可以比对的reads紫色I插入(鼠标查看插入的碱基信息)黑色横线——缺失欢迎关注我们的公众号_我们是两个农转生信的小硕打造生信星球想让它成为一个不拽术语、通俗易懂的生信知识平台。需要帮助或提出意见请后台留言或发送邮件到Bioplanet520outlook.comWelcome to our bioinfoplanet!
