网站建设中的咨询服务,深圳 网站优化公司排名,昌乐网站设计,wordpress建手机网站文章目录 PLUMED 安装Gromacs with PLUMED 安装 本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。需要注意的是#xff0c;我们需要先安装好 PLUMED#xff0c;然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理#xff0c;随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。
PLUM… 文章目录 PLUMED 安装Gromacs with PLUMED 安装 本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。需要注意的是我们需要先安装好 PLUMED然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。
PLUMED 安装
PLUMED官网为 https://www.plumed.org/download请前往此处下载。然后解压
tar -xzvf plumed-2.9.0.tgz
cd plumed-2.9.0/运行$PLUMEDDIR是你的 PLUMED 安装目录
./configure --enable-mpi --prefix$PLUMEDDIRmake
make install编译完成后配置环境变量在~/.bashrc中添加
# plumed
export PATH$PATH:$PLUMEDDIR/bin
export PATH$PATH:$PLUMEDDIR/include
export PATH$PATH:$PLUMEDDIR/lib
export PATH$PATH:$PLUMEDDIR/lib/pkgconfig
export PLUMED_KERNEL$PLUMEDDIR/lib/libplumedKernel.so
export LD_LIBRARY_PATH$LD_LIBRARY_PATH:$PLUMEDDIR/lib在 shell 里面运行
source ~/.bashrc
plumed help如果出现报错如下应当是动态库没配置好export LD_LIBRARY_PATH$LD_LIBRARY_PATH:$PLUMEDDIR/lib 这个再检查一下
plumed: error while loading shared libraries: libplumedKernel.so: cannot open shared object file: No such file or directoryGromacs with PLUMED 安装
以 gmx2023 版本为例基本流程请参考 GROMACS的安装方法 by Sobtop 。这里直接从第三步 安装GROMACS 开始介绍因为添加 PLUMED 补丁就是从这一步进行的。解压并对 gmx2023 添加补丁
tar -xzvf gromacs-2023.tar.gz
cd gromacs-2023/
plumed patch -p 会出现
PLUMED patching tool1) gromacs-2020.7 4) gromacs-2023 7) namd-2.14 10) qespresso-7.0
2) gromacs-2021.7 5) namd-2.12 8) qespresso-5.0.2
3) gromacs-2022.5 6) namd-2.13 9) qespresso-6.2
Choose the best matching code/version:
# 输入 4可能会出现 FAILED
Hunk #1 FAILED at 257.
1 out of 1 hunk FAILED -- saving rejects to file ./cmake/gmxVersionInfo.cmake.rej这个不会对安装有影响是版本信息的问题不知道为什么会有这个报错。
然后进行cmake编译即可后续添加环境变量等不再赘述还是请参考 Sobtop 老师的博文
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX最后检查 gmx 版本
gmx -version显示如下即为成功
...
GROMACS version: 2023-plumed_2.9.0
Precision: mixed
...
