中国国际贸易单一窗口网站,建筑招聘网官网,钢材做那个网站好,做网站怎么注册营业执照今天学习下相关性矩阵的可视化#xff0c;可以用来可视化相关性矩阵的包有corrplot包、corrgram包、GGally包、ggcorrplot包等#xff0c;这些包在大部分情况下都可以满足需求。今天先来学习corrplot包的使用#xff0c;后面几天有空会详细讲解下另外三个包。目 录1. 安装和… 今天学习下相关性矩阵的可视化可以用来可视化相关性矩阵的包有corrplot包、corrgram包、GGally包、ggcorrplot包等这些包在大部分情况下都可以满足需求。今天先来学习corrplot包的使用后面几天有空会详细讲解下另外三个包。目 录1. 安装和加载R包2. 加载数据集3. 数据处理3.1 转换矩阵3.2 计算相关系数4. 简单绘制5. 自定义参数5.1 可视化方法5.2 矩阵显示类型5.3 绘制组合图形5.4 相关矩阵排序5.5 设置矩阵颜色5.6 设置文本标签属性5.7 设置图例属性5.8 设置图形外观5.9 设置显著水平1. 安装和加载R包corrplot包可以用来可视化相关矩阵这个包中的参数很多可以很详细的自定义图形。第一步先安装和加载好R包。install.packages(corrplot) # 安装包library(corrplot) # 加载包2. 加载数据集使用mtcars内置数据集进行演示先加载包看下数据集的信息。data(mtcars) # 加载数据集head(mtcars, 10) # 查看数据集前10行3. 数据处理在使用mtcars数据集绘制图形前需要对数据集进行一些简单处理。3.1 转换矩阵绘图前可以将数据集转换为矩阵当然我也看到很多推文没有将数据集转换成矩阵一样可以绘制图形这一步也许可以省略。mtcars # 转化为矩阵3.2 计算相关系数在绘制图形前先计算下相关系数可以使用cor()函数函数中有pearson, kendall, spearman三种方法计算我们选择默认的pearson方法即可。cor_mtcars pearson)cor_mtcars4. 简单绘制先简单绘制个基本图形我们在后面慢慢调整参数自定义图形。corrplot(cor_mtcars)如上图所示一行代码就简单绘制出了图形。在上图中正相关用蓝色显示负相关用红色显示。颜色强度和圆圈的大小与相关系数成正比。下面我们开始慢慢调整参数设置图形。5. 自定义参数5.1 可视化方法在上图中可视化的方法method参数默认为circle也就是圆形显示。还可以使用square,ellipse,number,pie,shade和color显示分别表示方形、椭圆形、数字、饼图、阴影、颜色。layout(matrix(1:6, 2, 3)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, method square) # 方形corrplot(cor_mtcars, method ellipse) # 椭圆形corrplot(cor_mtcars, method number) # 数字corrplot(cor_mtcars, method pie) # 饼图corrplot(cor_mtcars, method shade) # 阴影corrplot(cor_mtcars, method color) # 颜色5.2 矩阵显示类型在基础图形中矩阵显示为全矩阵显示可以设置type参数为lower和upper来分别显示上三角和下三角矩阵。layout(matrix(1:2, 1, 2)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, type lower) # 下三角矩阵corrplot(cor_mtcars, type upper) # 上三角矩阵5.3 绘制组合图形在上面我们可以绘制出上三角和下三角矩阵图形然后可以使用add参数来绘制组合图形。add为TRUE则可以图形添加到现有图形中。corrplot(cor_mtcars, method square, type lower) # 下三角矩阵corrplot(cor_mtcars, method pie, type upper, add TRUE) # 上三角矩阵如上图所示先绘制一个下三角图形再将上三角图形添加到图形上。5.4 相关矩阵排序在corrplot包中使用order参数设置相关性矩阵排序排序方法有original(默认)、AOE、FPC、hclust、alphabet等5种。我们看看其他四种排序是什么样的。layout(matrix(1:4, 2, 2)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, order AOE) # 特征向量角序corrplot(cor_mtcars, order FPC) # 第一主成分顺序corrplot(cor_mtcars, order hclust) # 按层次聚类corrplot(cor_mtcars, order alphabet) # 按字母顺序当order为hclust按层次聚类时层次聚类方法也有几种有ward, ward.D, ward.D2, single, complete, average, mcquitty, median或centroid等可以使用hclust.method参数来指定。同时也可以设置addrect参数来设置可视化矩阵上聚类矩形的数量为NULL时默认不添加矩形。可以使用rect.col、rect.lwd参数来设置聚类矩形的颜色和线宽。layout(matrix(1:6, 2, 3)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, order hclust, # 按层次聚类 hclust.method ward.D2) #层次聚类方法corrplot(cor_mtcars, order hclust, hclust.method median) corrplot(cor_mtcars, order hclust, hclust.method single) corrplot(cor_mtcars, order hclust, hclust.method complete, addrect 2) # 设置聚类矩形的数量corrplot(cor_mtcars, order hclust, hclust.method average, addrect 2, rect.col red) # 设置聚类矩形的颜色corrplot(cor_mtcars, order hclust, hclust.method mcquitty, addrect 4, rect.lwd 3) # 设置聚类矩形的线宽5.5 设置矩阵颜色使用col参数来设置颜色还可以使用bg参数设置背景颜色。layout(matrix(1:3, 1, 3)) # 分割绘图设备col colorRampPalette(c(blue, white, red))(40)corrplot(cor_mtcars, method color)corrplot(cor_mtcars, method color, col col) # 矩阵颜色corrplot(cor_mtcars, method circle, bg grey) # 背景颜色还可以设置其他的颜色。layout(matrix(1:6, 2, 3)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, order hclust, col heat.colors(100))corrplot(cor_mtcars, order hclust, col terrain.colors(100))corrplot(cor_mtcars, order hclust, col cm.colors(100))corrplot(cor_mtcars, order hclust, col gray.colors(100))library(RColorBrewer)corrplot(cor_mtcars, order hclust, col brewer.pal(n 8, name RdYlBu))corrplot(cor_mtcars, col brewer.pal(n 8, name PuOr))5.6 设置文本标签属性layout(matrix(1:4, 2, 2)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, tl.pos n) # 不显示文本标签corrplot(cor_mtcars, tl.pos lt) # 在左边和顶部显示corrplot(cor_mtcars, tl.cex 1.5) # 设置文本标签的缩放倍数corrplot(cor_mtcars, tl.col black) # 设置文本标签的颜色5.7 设置图例属性颜色标签也就是图形旁边的图例可以使用cl.pos、cl.cex、cl.ratio、cl.align.text、cl.offset等参数来设置。5.7.1 设置图例位置corrplot(cor_mtcars, cl.pos n) # 不显示图例corrplot(cor_mtcars, cl.pos r) # 图例放在右边corrplot(cor_mtcars, cl.pos b) # 图例放在底部5.7.2 设置图例文本属性corrplot(cor_mtcars, cl.cex 1.5) # 设置图例中数字标签的缩放倍数corrplot(cor_mtcars, cl.ratio 2.0) # 数字设置图例的宽度corrplot(cor_mtcars, cl.align.text l) # 字符设置图例中的数字标签的对齐方式5.8 设置图形外观可以设置图形的标题、四边间距、网格线等。layout(matrix(1:4, 2, 2)) # 分割绘图设备corrplot(cor_mtcars, mar c(2.2, 2.6,2.8,1.9)) # 设置图形四边间距corrplot(cor_mtcars, addgrid.col black) # 设置网格线corrplot(cor_mtcars, outline black) # 设置圆形、椭圆形等外边框corrplot(cor_mtcars, tl.pos n, title R语言统计与绘图 公众号) # 添加图形标题5.9 设置显著水平可以在图形上显示显著性水平。layout(matrix(1:4, 2, 2)) # 分割绘图设备res1 .95)corrplot(cor_mtcars, p.mat res1$p, sig.level .2) # 设置p值0.2的不显示corrplot(cor_mtcars, p.mat res1$p, sig.level .05) # 设置p值0.05的不显示corrplot(cor_mtcars, p.mat res1$p, insig blank) # 擦除p值0.05的相关系数设置为空白corrplot(cor_mtcars, p.mat res1$p, insig p-value)参考资料corrplot()函数帮助文件既往专辑