网站建设都怎么找客户的,湖北网络营销推广怎么做,深圳域名空间,wordpress登录更改域名后2020年2月11日#xff0c;世界卫生组织宣布了新型冠状病毒肺炎官方正式命名为 COVID-19#xff0c;21日国家卫健委决定与世界卫生组织保持一致#xff0c;中文名称不变。随着关于新型冠状病毒病毒疫情的不断发展#xff0c;有关疫情的各类信息也在不断更新。OpenKG 紧随疫情… 2020年2月11日世界卫生组织宣布了新型冠状病毒肺炎官方正式命名为 COVID-1921日国家卫健委决定与世界卫生组织保持一致中文名称不变。随着关于新型冠状病毒病毒疫情的不断发展有关疫情的各类信息也在不断更新。OpenKG 紧随疫情发展继续发布新领域的新冠知识图谱同时对已经发布的图谱进行持续不断的更新。本次主要新增清华大学等单位构建的新冠健康图谱、浙江大学与华为云联合构建的病毒药物和病毒亲缘关系等图谱、河海大学等单位构建的新冠热点事件图谱武汉科技大学等单位构建的新冠物资、IBM中国研究院等构建的流行病学图谱 (实例数据更新中)。同时来自同济大学、浙江大学、东南大学、海乂知信息科技、文因互联、小米人工智能实验室、复旦大学等分别更新了百科图谱、科研图谱、临床图谱、英雄图谱等部分的数据。近期我们还将发布新冠防控图谱。OpenKG 发布的所有新冠知识图谱都基于统一的命名规范和语义格式采用 CC-by SA 相似署名开放许可协议供大家免费下载使用。持续更新敬请关注此外在 OpenKG 的知识图谱众包平台 OpenBase 上我们还将展开新冠知识图谱众包欢迎大家为高质量的中文知识图谱贡献力量。新冠图谱专题链接http://openkg.cn/group/coronavirus1.新冠百科图谱 V1.1图谱链接:http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-baike1.1 更新记录相较于第一版第二版修改了数据爬取范围通过重新抓取百科数据提升了整个图谱数据规模。实体数扩展至54318三元组数扩展至270807关系数和属性数分别扩展至22和50个。对百科实体进行了类别推断根据不同类别的实体特点拓展了schema的属性部分。通过三元组和文本分析挖掘和构建了新的实体关系网络。1.2 简介以及潜在应用 新冠百科图谱包括病毒、细菌、流行病、传染病等相关实体。作为新冠领域知识图谱的基础图谱以病毒、细菌为主体扩展了治疗疾病等相关内容通过了这些概念的百科知识形成了新冠百科图谱。除了新冠相关的实体外还涵盖了过往疫情。潜在应用面向新冠相关术语的语义检索、智能问答并可用于新冠相关文档的智能搜索和推荐。 后续工作中将从百度百科互动百科中文维基百科医学百科中进一步挖掘病毒细菌疾病医学之间的关系。采用基于本体的信息抽取技术扩充实体的属性信息。同时完成与zhishi.me等通用知识图谱的链接。 1.3 可视化样例 2.新冠科研图谱 V1.1图谱链接:http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-research2.1 更新记录科研图谱新增病毒药物、病毒亲缘关系、新冠病毒基础信息三个数据库和数据集并更新病毒分类图谱2.2 概要介绍在第一阶段的发布版本中我们从病毒的生物学分类角度出发以NCBI美国生物信息中心 Taxonomy 板块下的数据为基础构建了一个病毒的族系网络——病毒分类图谱。该图谱具有较大的规模其中实例的数量达20w以上三元组的数量更是达到了190w。但是其在分类及族系关系以外未引入其他信息具有一定的局限。通过与医药、生物学相关科研人员的交流及合作从专业的角度了解病毒差异的来源以及区分/联系不同病毒的重要属性同时通过与华为云语音语义创新Lab及华为云医疗智能体团队开展合作从不同科研内容角度展开多方面的工作期望通过双方深入的交流及合作共同构建并完善用于科研用途的知识图谱。当前工作建立在不断完善schema的基础上, 通过梳理病毒、基因、蛋白、药物等相关概念围绕新型冠状病毒、抗病毒药物等展开工作。从病毒的基因蛋白宿主以及核苷酸序列等相关信息出发基于NCBI数据库中新冠病毒COVID-19相关数据构建新冠基本信息图谱 V1.0。从抗病毒药物、Human Protein、Virus Protein、宿主等信息出发基于DrugBank等数据库的数据构建抗病毒药物图谱 V1.0。除此之外考虑到病毒流行学是重要的科研方向我们从该角度出发以Gisaid全球流感数据库所提供的实时新冠病毒sequence数据为基础结合nextstrain对于新冠病毒基因组流行病学的分析及相关算法, 整理出了一个短期病毒突变的连接网络——病毒亲缘关系图谱v1.0。其中包含了地理时间变异度突变的基因蛋白等信息为后续的相关研究(病毒溯源)及图谱的融合提供支撑。2.3 潜在应用在后续对于其他属性进行补充与关联扩充图谱之后数据集可用于尝试以下应用1预测新病毒的生物学分类新物种发现2预测病毒变异性3预测病毒热稳定性4预测病毒的易感群体、宿主5预测病毒的致病部位6预测病毒可导致的症状可缓解症状的药物7潜在治疗的药物如老药新用8预测病毒的传播途径、传播种类9预测可能与病毒蛋白相互作用的蛋白发现新的蛋白靶点10针对新的蛋白靶点进行药物开发11病毒溯源病毒变异的分析与预测2.4 图谱可视化1病毒分类图谱 V1.1parent关系用于连接Resource之间的层级关系比如COVID-19病毒在其家族树种的上层结点是unclassified Betacoronavirus。通过parent关系可向上遍历家族树。species、genus、family等关系用于直接连接病毒与其属类别、种类别结点。这样即可不通过遍历家族树直接找到其属。broader用于连接不同的家族概念比如Genus属就是Species种的一个更宽泛的家族概念。 虚线中的关系和概念是未来工作中会添加的关系和连接的实体类型。比如病毒的基因实体、蛋白质实体、宿主实体等等。2新冠基本信息图谱 V1.0 (新增) 如下图可视化展示express表示COVID-19与其表达基因间的关系例如COVID-19表达ORF7B/ORF10/NS6等类型的基因 translate表示基因与蛋白间的翻译关系例如COVID-19的ORF8基因可翻译出ORF8 protein另外我们又用produce关系表示COVID-19可产生对应的蛋白。 为了进一步表示COVID-19和宿主的关系我们使用host表示目前图谱中的宿主实体主要是human和vertebrates。 3抗病毒药物图谱 V1.0 (新增) 如下图可视化展示effect 关系用于表示抗病毒药物对于病毒有一定效果例如Lopinavir和 Abacavir 对Human immunodeficiency virus 1有抗病毒效果通过本关系可查看抗病毒药物和对应病毒间的联系 produce关系可用于挖掘病毒与其所表达蛋白间的express关系并可进一步挖掘不同病毒与同一类型蛋白间的关系进而发现两个病毒间的间接关系再通过某病毒与某抗病毒药物间关系又可发现某抗病毒药物和另一病毒的间接关系可以帮助发现对于某一类型病毒蛋白可能有作用的更多药物。 Interaction 和 binding 关系可以用于发现病毒蛋白与宿主蛋白间的相互作用比如Human的ACE2 和SARS-COV的Spike glycoprotein间的interaction之后可再补充某些药物和ACE2间的target关系进而可以研究这些药物和SARS-COV的Spike glycoprotein间的作用. 通过belong to关系可以明确哪些蛋白属于哪类宿主这类宿主的哪些蛋白与病毒有相互作用关系等。 在属性方面我们又进一步从DrugBank挖掘了这些信息商品名、化学式分子重量indication等作为drug实体的属性使得研究者可以更直观的了解某drug的一些重要信息。之后我们会进一步完善补充更多关键实体的重要信息。4病毒亲缘关系图谱 V1.0 (新增) 如图所示图中有Strain毒株Branch分支Country国家State区域和City城市这些实体类型其中地理位置与Strain毒株的连接通过from_country, from_division和from_location来标识。CountryStateCity互相连接构成网络。 对于Strain毒株的属性包括了AA变异核苷酸突变与上一分支的差异率等等信息展示在图中的表格中。其中变异数据和差异率数据都是相对mutate_from_branch指示的Branch结点来说的而Branch也相对上层的Branch因此最终的Strain突变应当是整个树目录突变的总和。 2.5 数据来源及规模数据来源NCBI中的Taxonomy板块 截止至2020.2.21https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy全球流感数据库 截止至2020.2.21https://www.gisaid.orgNextstrain网站 截止至2020.2.21https://github.com/nextstrain/ncovDrugBankVersion 5 截止至2019.08NCBI Taxonomy COVID-19数据 截止至2020.2.20VirHostNet1.1 截止至2019.01Virus Pathogen Database 截止至2020.02数据规模病毒分类图谱 V1.1概念16个 实例205500个对象属性15个三元组数目2140191个新冠基本信息图谱 V1.0概念4个 实例470个对象属性7个三元组数目2096个抗病毒药物图谱 V1.0概念5个 实例7845个对象属性27个三元组数目60662个新冠亲缘关系图谱 V1.0概念6个 实例233个对象属性15个三元组数目2071个3.新冠健康图谱 V1.0图谱链接http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-health3.1 简介以及潜在应用 新冠健康图谱由清华大学和北京妙医佳健康科技联合构建包含跟新冠肺炎相关的各类疾病、药物、症状、检查、全国各地接收新冠肺炎定点医院等信息。 潜在应用: 流行病调查研究基于图谱的新冠肺炎健康防护问答。3.2 数据schema 目前图谱只包含schema实例知识会在后续逐步更新敬请期待。3.3 数据来源与规模数据来源《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》百度百科北京妙医佳健康科技集团有限公司卫生健康委数据规模概念592个实例7110个数值属性104个对象属性16个三元组数量50405个3.4 可视化的图谱样例图例说明方形代表概念(class)圆形代表实例(instance)悬浮到连线上显示的是两者的关系relation。 4新冠物资图谱 V1.0 图谱链接http://openkg.cn/dataset/covid-19-goods4.1简介以及潜在应用 新冠物资图谱包含防控新型冠状病毒所需要的各类物资主要包括医用防护装备、日常防护用品、医用诊疗设备以及治疗用药。其中医用防护装备包含了医用手套、口罩、隔离服等日常防护用品包含洗手液、消毒用品等医用诊疗设备包含常规检查设备和氧疗设备治疗用药包含了《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》多个版本中的中、西药品。示例问题问在疫情期间如果出门买菜带哪种口罩比较好答选择医用外科口罩、N95口罩、KN95口罩即可但是目前医用口罩比较稀缺建议供应给一线使用。 问如果买不到N95和医用外科口罩怎么办 答如果没有适合的口罩您可以使用医用护理口罩建议戴2层防护性能会好一些使用完毕后一定要洗手并将口罩外用塑料袋或者纸巾包住丢入垃圾桶内。4.2 数据来源与规模数据来源《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》《国家基本药物目录》《全国卫生行业医疗器械、仪器设备商品、物资分类与代码》红十字会官网 http://www.wuhanrc.org.cn/百度百科数据规模概念165个实例132个数值属性56个4.3 可视化样例5新冠流行病学图谱 V1.0图谱链接http://openkg.cn/dataset/covid-19-epidemiology本次预发布流行病图谱 schema实例数据待更新。 5.1 简介以及潜在应用 新冠肺炎流行病学知识图谱包含了流行病学知识图谱Schema和基于此Schema定义的新冠肺炎资源实例(待更新)。其中流行病学知识图谱Schema重点刻画流行病学的基本概念、流行病学调查等内容未包含“流行病学研究方法”、“预防与控制策略”、“临床治疗与预后”等内容需要在后续版本中与其他新冠肺炎知识图谱集成或连接。新冠肺炎资源实例包含了发生在2019年~2020年2月期间COVID-19疫情中确诊患者的流行病学调查数据这些数据来自中各省市卫健委公布的个案流调信息。 新冠流行病学图谱可以助力对流行病调查、溯源、密切接触者追踪为医护人员和疾病防控人员提供技术支持加速流行病调查研究。 5.2 数据schema1.传染源动物人植物2.传播途径飞沫接触气溶胶粪口食物水土壤医源性垂直3.传播模式小范围暴露传播扩散传播散发流行暴发流行超级传播4.流行病学特征发病率死亡数粗病死率年龄分布性别分布时空分布季节特征暴露史即疫区疫源接触史5.易感人群儿童、老人、男人、女人6.潜伏期7.传染性强中弱8.感染来源宿主中间宿主9.宿主蝙蝠10.中间宿主穿山甲果子狸11.防控方式限制人员流动减少接触洗手戴口罩隔离12.病例基本信息年龄性别身高体重暴露史,归属地常住地职业种族13.病例合并基础性疾病高血压、糖尿病、心血管疾病、呼吸道传染、肿瘤、肥胖14.病例临床表现发热咳嗽干咳乏力呕吐腹泻肌肉酸痛头痛头晕精神不振胸闷呼吸困难呼吸窘迫15.病例诊疗信息感染时间、发病时间、就医时间、确诊时间、住院时间、医院名称、出院时间、死亡时间16.消毒方式17. 微生物细菌病毒真菌放线菌立克次氏体支原体衣原体螺旋体18.寄生虫(原虫,蠕虫,节肢动物)11.事件20.疫情发展拐点基本控制彻底控制消除疫区5.3 数据来源与规模数据来源王建华刘民《流行病学-第7版》人民卫生出版社陈清徐德忠《流行病学复习考试指导》人民军医出版社各地卫健委公开信息数据规模概念49 个实例6 个数值属性34个对象属性19个三元组数量374 个5.4 可视化的图谱样例 6.新冠热点事件图谱 V1.1图谱链接http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-event6.1 更新记录加入新的150份政府各部委的政策通告文件的事件抽取结果。添加schema中的政策事件的相关概念和属性。加入初期的事件类型标签。后期会进一步完善事件关键词抽取的结果。6.2 简介以及潜在应用 从第一例出发到封城到各地响应等重大事件脉络以及相关时间等和新冠百科、新冠科研、新冠临床、新冠防控、新冠英雄等均有关联 并对新闻中的一些内容进行相关语义标注。 支持对新型冠状病毒的事件在时间上的正向和反向索引。并提供事件本身发展脉络的枚举。支持查证事件的溯源。后期会加入对事件的存真鉴伪等高级特性。6.3 数据schema 6.4 数据来源与规模数据来源人民日报http://activity.peopleapp.com/broadcast/?fromtimeline丁香医生https://ncov.dxy.cn/ncovh5/view/pneumonia腾讯https://news.qq.com/zt2020/page/feiyan.htm新浪微博https://m.weibo.cn数据规模:概念4个 实例640个对象属性17个6.5 图谱可视化 7.新冠临床图谱 V1.1图谱链接http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-medical 7.1 更新记录根据最新的新冠肺炎诊疗方案第六版文件进行图谱模式更新及数据补充完善schema中药及药品部分的属性和关系中药新增属性药理作用、性味、性状、中药基原、适用症药品新增子概念化学药、中成药新增属性禁忌、适用症。7.2 简介以及潜在应用临床图谱从目前已有的规范文件入手基于诊疗规范(流行病学症状实验室指标治疗)、研究进展(测序、药物开发、疫苗)、发病统计(丁香园) 将研究进展与科研相关联。图谱以新型冠状病毒COVID-19为核心延展至病毒、治疗方案、症状、方剂等各类概念形成新冠临床知识图谱可基于图谱进行知识问答。7.3 数据来源与规模数据来源《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》Wiki百科中医药知识服务平台 http://www.tcmkb.cn/ 医疗器械分类目录 https://db.yaozh.com/fenleimulu?fromwwwpositionindex_hotdb https://github.com/liuhuanyong/QASystemOnMedicalKG数据规模概念43 个实例383 个数值属性90 个对象属性553 个7.4 可视化样例 8.新冠英雄图谱 V1.1图谱链接http://www.openkg.cn/dataset/covid-19-character8.1 更新记录构建新的实体关系网络如人物间的队友、同事关系等。根据目前的疫情发展情况实时更新热点人物拓展图谱规模。8.2 简介以及潜在应用新冠英雄图谱包括了医疗专家组、因公殉职英雄、武汉当地和全国各地的意见领袖等涉及生平事迹和基本属性并与新冠百科、新冠科研、新冠临床、新冠防控等图谱中的一些概念或实体关联。图谱以新冠病毒专家为核心延展至履历、成果、事件、战役等各类概念形成新冠英雄知识图谱可基于图谱进行英雄人物动态展示。8.3 数据来源与规模数据来源百度百科、微信公众号、知网、澎湃新闻数据规模概念21个实例747个数值属性291个对象属性1160个目前图谱中共包含123人个人物其中包括5位专家人员27位因公殉职人员医疗队代表人员91位。具体名单如下 专家 因公殉职英雄 医疗队代表人物人物名单 钟南山刘大庆 张新忠 崔嵬 鲁翔 张文宏曾文聪 于正洲 邓少华 吴红辉 李兰娟何建华 梁医生 黄汉明 谢宏超 张定宇苏莱曼·巴马丁 毛样洪 姜娜 …. 张继先宋英杰 陈在华 蒋金波 ….胡锋 程建阳 李弦 ….梁武东 马承武 孙训祥 ….尹祖川 李文亮 章良志 ….张辉 黄和艳 徐辉 ….总计人 5 27 91 8.4 可视化图谱样例 点击阅读原文获取新冠图谱专题。 主要贡献者 总体协调人王昊奋陈华钧 漆桂林 1. 新冠百科图谱东南大学李志强秦旭许茜李林殷春锁吴亦珂王然吴天星漆桂林 2. 新冠科研图谱浙江大学陈卓吴杨邵鑫杨海宏毕祯叶宏斌方尹陈华钧华为郑毅张雷王鹏章涛刘登辉徐迟袁晶乔楠怀宝兴 3. 新冠健康图谱清华大学许斌毛亦铭阎婧雅初凤灵吴高晨仝美涵孙静怡李子明陈秋阳李凯曼郑晓飞北京妙医佳健康科技集团有限公司刘邦长常德杰闫广庆季科 4. 新冠物资知识图谱武汉科技大学刘宇徐航向军毅顾进广 5.新冠流行病学图谱IBM中国研究院李静王健梅婧 6.新冠事件知识图谱河海大学唐彦张作为王鲁威张呈阳小米人工智能实验室刘作鹏王献敏彭茜 戴振 7. 新冠临床图谱海乂知信息科技蔡嘉辉冯莉文因互联杜会芳同济大学王昊奋 8. 新冠英雄图谱海乂知信息科技王智凤蔡嘉辉李一斌同济大学王昊奋 9.新冠防控图谱武汉科技大学胡丹阳王萌李秋刘宇顾进广东南大学张振志胡润秋徐毅男张涛史淼郭文孜黄红蓝10.其他技术支援OpenKG尚忆秋文因互联耿新鹏浙江大学李娟上海分布科技胡凝OpenKG开放知识图谱简称 OpenKG旨在促进中文知识图谱数据的开放与互联促进知识图谱和语义技术的普及和广泛应用。点击阅读原文进入 OpenKG 博客。
